O protótipo ou versão beta é aquele jogo incompleto usado apenas para divulgação e testes. Sonic 2 Beta foi encontrado na forma de ROM de emulador num site Chinês e então distribuído pela internet. Yuji Naka afirmou numa entrevista que o cartucho original dessa ROM encontrada pode ser o que foi roubado em 1992 numa mostra de brinquedos em Nova Iorque devido a uma falha de segurança. Depois do Sonic 2 Beta foi encontrado uma versão ainda mais antiga do Sonic 2, cheia de falhas na jogabilidade e ainda com muitos gráficos do Sonic 1. Essa versão foi divulgada como Sonic 2 Early Prototype. O cartucho original foi comprado por 1.500 dólares e então distribuído livremente na internet em forma de ROM de emulador.
Segue agora algumas diferenças e curiosidades notadas nos Sonic 2 Beta.
• A tela-título era diferente, com outra arte semelhante a existente no Sonic 2 do Master System e do Game Gear, porém com o cenário da Emerald Hill passando ao fundo.

• Tails ainda não podia voar. Apenas hackeando o protótipo é que se encontra os sprites do Tails voando e também se equilibrando e derrapando. Depois que morria ou se perdia do Sonic, ele simplesmente aparecia do nada.

• Existem outros sprites escondidos que nunca foram usados nem no protótipo e nem no jogo final. Quando estes sprites foram encontrados não existiam ferramentas de descompressão, e eles foram localizados hackeando a ROM e forçando para mostrar os sprites na VRAM. Os autores que descobriram merecem ser lembrados. Nemesis foi o ROM Hacker que encontrou a bola de fogo, Dr. Ivo encontrou o misterioso parafuso e Scott Prower encontrou os sprites do Sonic puxando um objeto. Detalhe para essa animação encontrada pelo ROM Hacker “Knuckles Prowers” que parece ser uma outra versão para o Robotnik sendo derrotado na Chemical Plant. (clique pra ver em tamanho maior)

• O sprite escondido mais famoso é o do crocodilo que aparece na imagem da Desert Zone e ele foi encontrado pelo Brasileiro Esrael ROM Hacker. Ele também descobriu sprites do Sonic 1 e também de todos os outros Badniks dessa imagem e que estavam escondidos no jogo. (clique pra ver a imagem em tamanho maior)

• Mesmo jogando com o Sonic, quando Tails era atingido ele perdia todos os anéis que você tem.
• Acreditava-se que esses sprites de splash e de chamas encontrados pelo ROM Hacker “Dr. Ivo” eram as únicas evidências da Desert Zone no cartucho. Porém foi observado depois pelo ROM Hacker “Nemesis” que na verdade esses sprites sobraram do jogo Chiki Chiki Boys que estava no chip antes do Sonic Team usá-lo como protótipo.

• O Super Sonic ainda não existia em nenhuma das versões do protótipo, mas ele já estava sendo planejado porque sua palheta de cor amarela pulsante e brilhante já se encontrava no cartucho.

• O Sonic 2 Early Prototype tem uma placa diferente no final da fase enquanto que o Sonic 2 Beta já tem a mesma conhecida do cartucho final. Além disso somente no Sonic 2 Early Prototype o Sonic dava trombada nas paredes ao se aproximar muito rápido delas. Mais ou menos como acontece no Sonic Adventure.

• Algumas outras animações do Sonic eram diferentes também como por exemplo ele andando, correndo e se equilibrando. Seu Spin Dash não soltava aquela poeira no chão. Existem também alguns inimigos e outros itens nos protótipos que não foram usados na versão final.

• Apesar de se parecer com a Master Emerald, Craig Stitt afirmou que aquela pedra que aparece na Hidden Palace era apenas um obstáculo que Sonic precisava quebrar pra ter acesso ao tubo abaixo dela. Mesmo que ela não possa ser quebrada em nenhuma versão de protótipo conhecida. Yuji Naka revelou que apesar do nome Hidden Palace (Palácio Escondido em Inglês), essa fase não era pra ser secreta e foi planejada pra ser encontrada normalmente durante a jogada juntando as Chaos Emeralds. A idéia era mostrar de onde as Esmeraldas vieram e esse ser o local onde o Sonic obtém seu poderes de Super Sonic.

• Nenhuma das fases em ambos os protótipos mostram o nome no começo, antes do Sonic aparecer. No modo 2 Players, as duas telas tem o nome e o rosto do Sonic no marcador de vidas.
• A Emerald Hill Zone é a única fase que se pode jogar normalmente no protótipo mais antigo. Ela também é a única completa, com placa no final da primeira etapa e o Robotnik no final da segunda. As outras podem ser acessadas pelos nomes das fases do Sonic 1 com o truque de seleção de fase e elas tocam suas respectivas músicas originais sendo elas:
- Green Hill Zone: É a mesma do Sonic 1, e também tem as placas no final das etapas e o Robotnik embora esteja toda com muitos defeitos de jogabilidade e sprites deletados.

- Marble Zone: É a Chemical Plant incompleta e com detalhes diferentes no cenário de fundo.

- Spring Yard Zone: É na verdade a Hidden Palace que nunca foi terminada.

- Labyrinth Zone: Não tem fase alguma. Apenas alguns sprites da Chemical Plant, mas todos desordenados.

- Star Light Zone: É na verdade a Emerald Hill que é acessada sem o truque. Detalhe que é a única fase que se joga com o Sonic sozinho, sem o Tails.

- Scrap Brain Zone: É na verdade a Hill Top incompleta. As nuvens de fundo só se movem conforme você se move, enquanto que na versão final elas se movem o tempo todo.

• No protótipo mais conhecido e chamado de Sonic 2 Beta, pode se jogar por essas fases normalmente e nessa sequencia: Aquatic Ruin Zone, Chemical Plant Zone, Hill Top Zone e Emerald Hill Zone, sendo que essa última é a única delas que tem inimigos e o Robotnik no final da segunda parte. Apertando-se A + Start aparece a seguinte sequência:
- Green Hill Zone: É na verdade a Emerald Hill mas com poucas diferenças da versão final. Dessa vez o Tails aparece em todas as fases. A música de fundo já é a final também.

- Wood Zone: Fase incompleta e que foi cortada da versão final do jogo. A música de fundo é a da Metropolis Zone e a segunda parte não tem absolutamente nada.

- Metropolis Zone: Fase incompleta e com a música quase igual a da versão final. A terceira parte já estava construída mas também está incompleta.

- Hill Top Zone: Já com o efeito nas nuvens e com sua música certa essa fase tem pouca diferença pra versão final.

- Hidden Palace: A mais famosa das fases cortadas. Está incompleta e toca a música da Mystic Cave do modo 2 Players. Essa e a Emerald Hill são as únicas fases com Badniks.

- Oil Ocean Zone: Fase incompleta mas quase como a final, exceto pelo Sol diferente e a música da Casino Night do modo 2 Players que toca de fundo. Detalhe que nessa fase existe uma esfera parecida com a que foi vista na Green Hill do protótipo do Sonic 1.

- Dust Hill Zone: É na verdade a Mystic Cave Zone. Está incompleta mas já está com sua música final.

- Casino Night Zone: Está incompleta e cheia de detalhes diferentes no cenário. A música é quase a mesma do jogo final mas também está diferente.

- Chemical Plant Zone: É praticamente a mesma da versão final e já com sua música de fundo porém com algumas plataformas menores.

- Genocide City Zone: Não tem absolutamente nada, e a música de fundo é a da Chemical Plant Zone. Não se sabe nada sobre essa fase.

- Neo Green Hill Zone: É na verdade a Aquatic Ruin Zone já com sua música final e idêntica a vesão do jogo pronto, com pequenas diferenças no mapa.

- Death Egg Zone: Outra fase vazia, sem nenhum sprite ou cenário e sem nenhuma música de fundo.

