Dr. Ivo Robotnik, o malígno cientista louco também conhecido como Dr. Eggman, está tramando mais um dos seus velhos planos diabólicos.
“Sonic… aquele ouriço impertinente e barulhento! Por causa dele todos os meus grandes planos são sempre desperdiçados! Oh, mas dessa vez irei derrotá-lo com o poder da ciência! Hahahahahahahaha”
South Island é uma ilha de tesouros, jóias e ruínas antigas. Dizem que é lá que estão as lendárias Chaos Emeralds. Essas super pedras dão energia a todas as formas de vida. Porém, se forem usadas por mãos erradas, podem virar armas laser e também nucleares. De qualquer forma ninguém sabe como encontrar essas esmeraldas. Só o que dizem é que a razão da South Island estar sempre se movendo, é porque as Chaos Emeralds estão dentro de algum lugar confuso bem nas profundezas da Ilha.
Um dia, uma terrível crise tomou conta de South Island e junto com ela veio o Dr. Robotnik e suas máquinas.
“Eu vou encontrar essas esmeraldas mesmo que eu precise cavar toda a ilha pra conseguir isso!”
Robotnik intalou uma fortaleza em um dos cantos da ilha e prosseguiu com seu plano.
“Eggman, você ainda não teve o suficiente?”
Sonic disparou para South Island assim que soube da notícia. Dr. Robotnik nunca o deixa em paz, mesmo tendo sido derrotado todas as vezes. Parece que Robotnik sempre considerou Sonic como um arqui-inimigo apesar de nunca ter sido páreo para Sonic.
Porém, quando Sonic chegou na ilha, havia algo muito estranho acontecendo.
“Viu só, Sonic? Dessa vez será diferente! Eu transformei todos os animais da ilha em robôs!”
“To… dos!?”
“Todos eles estão sob minhas ordens! Em outras palavras Sonic, todos na ilha são seus inimigos! Gya-hahahahahahaha… cof… ack.. aham… Dessa vez, o mundo será todo meu!”
Agora Sonic está sozinho para lutar contra hordas de maníacos metálicos e fazer loopings com seu Ataque de Giro Supersônico. Ele precisa correr a toda velocidade por túneis tortuosos, balançar sobre armadilhas perigosíssimas, saltar sobre poços de lava e esquivar-se de rochas em chamas. Depois mergulhar na águas geladas de uma caverna subterrânea. Se tiver sorte, Sonic poderá entrar num local secreto, onde tudo gira num labirinto flutuante. Seu maior desafio será no laboratório secreto do Dr. Robotnik, onde Sonic o enfrentará para libertar os animais que estão esperando por sua ajuda.