AVISO: Se você nunca jogou esse game ou ainda não chegou ao final do jogo, por favor não leia o texto abaixo para não estragar a surpresa. Esse texto foi escrito para quem não entendeu ou tem alguma dúvida sobre o que acontece no final.
A batalha foi dura mas finalmente Sonic encontrou face a face com Robotnik dentro de sua própria fortaleza. Mesmo sem anéis para se proteger na luta, Sonic conseguiu desviar dos pistões gigantes e derrotou o cientista do mal mais uma vez.
Os animais estão livres e Sonic está indo embora quando, de repente, as Chaos Emeralds começam a emitir uma misteriosa energia. Sonic pára e vê que elas estão brilhando. Esse brilho começa a ficar mais forte e as esmeraldas começam a flutuar e a girar no céu até que desaparecem completamente.
A energia liberada pelas Chaos Emeralds restaurou todas as formas de vida da ilha, deixando a natureza mais forte e renovada como se Dr. Robotnik nunca tivesse pisado por lá.